Костомукшская епархия включает в себя 7 районов Республики Карелия:

Беломорский, Калевальский, Кемский, Костомукшский, Лоухский, Муезерский, Сегежский

Костомукшская епархия включает в себя 7 благочиннических округов:

Беломорский

Калевальский

Кемский

Костомукшский

Лоухский

Муезерский

Сегежский

Костомукшская епархия включает в себя 16 приходов:

Местная религиозная организация православный приход Покровского храма г. Костомукши Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход  храма Рождества Христова п. Ледмозеро Муезерского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма преподобного Варлаама Керетского п. Чупа Лоухского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма Святителя Николая г. Беломорска Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма преподобного Серафима Саровского п. Лоухи Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма первомученика архидиакона Стефана п. Кестеньга Лоухского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма Святой Троицы п. Боровой Калевальского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход Петропавловского храма п. Калевала Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход Пресвятой Троицы п. Летнереченский Беломорского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма святителя Николая с. Нюхча Беломорского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма святителя Николая г. Сегежи Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма Покрова Богородицы с. Сумский Посад Беломорского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма иконы Божией Матери «Всецарица» п. Муезерский Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход Входоиерусалимского храма пос. Надвоицы Сегежского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход храма святителя Николая п. Пяозерский, Лоухского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

Местная религиозная организация православный приход Успенского храма д. Однозеро Муезерского района Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)

На территории Костомукшской епархии располагается один монастырь:

Религиозная организация «Кемский Благовещенский мужской монастырь во имя Новомученников и Исповедников Российских» Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)